Bei einer Gastroskopie können Anomalien direkt festgestellt und oftmals unmittelbar behandelt werden. Sollte der Arzt beispielsweise Polypen entdecken, können diese direkt entfernt werden. Das entnommene Gewebe wird daraufhin mittels Mikroskop untersucht, um die Art der Abweichung zu bestimmen. Dies ist wichtig, um Krankheiten wie Zöliakie, frühe Stadien von Magen- oder Speiseröhrenkrebs oder das häufige Magenbakterium Helicobacter pylori zu erkennen.